（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担保密、政务公开、接待、后勤等工作；负责党群、工青妇和计划生育工作；承担全局人事管理、劳动工资和离退休人员管理服务等工作；承担局机关所属事业单位的财务管理和内部审计工作。
（二）督查考核科。
负责区环境保护委员会办公室日常工作；统筹、协调、推动全区的环境保护工作，形成各职能部门分工负责、齐抓共管的工作机制，将环境保护工作落到实处；监督检查各镇（街道）和区有关单位贯彻执行环境保护法律法规好政策的情况，履行环境保护职责。
（三）环境影响评价管理科。
负责对环境保护专项规划的编制、修订和组织实施；负责环境标准的组织实施；负责建设项目环境影响申报的审批和环评机构的管理；负责权限内的环境影响后评价管理工作；负责管理区行政服务中心环保窗口管理工作；负责区内镇（街道）建设项目环评管理工作的业务指导、监督管理和日常考核。
（四）法制监督科。
负责政策、法律研究和调研工作，为全局重大决策提供政策和法律意见；审核行政许可和办案程序规范，以及行业管理规范性文件；负责建设项目环境保护和限期治理的验收组织工作；负责排污申报登记、核定和征收排污费工作；负责核发排污许可证、建筑噪声排放许可证、排污权有偿使用和交易工作；负责管理对象环保信用管理和出具环保守法证明工作。
（五）生态与总量控制科（区创模办、区总量办）。
监督管理全区功能水体的水环境保护；负责组织生态示范单位的申报评选认证和创建管理工作；负责环境保护模范城市的创建和后续管理工作；负责农村生态环境保护管理，配合农业部门开展规范畜禽养殖场废弃物综合利用和污染治理工作。贯彻落实国家污染物总量减排法律法规和方针政策；负责组织、统筹、协调全区污染物减排工作。
（六）污染控制科（区固体废物管理中心）。
负责组织管理全区废气、废水、废渣、粉尘、恶臭气体、工业有毒有害废物、噪声和土壤污染控制和防治工作；负责拟定并组织实施重点区域、重点行业、重点污染源治理计划；负责开展清洁生产促进工作，引进和推广环境管理和污染治理先进技术。贯彻执行固体废物（一般工业废物、危险废物、严控废物）管理的法律法规和政策；组织管理全区固体废物污染控制和防治工作。
（七）环境监察分局。
负责指导、监督、协调全区环境保护综合行政执法工作；监督检查环境保护法律、法规、标准的执行情况；负责制定全区环境监察工作规划并组织实施；负责建设项目“三同时”的管理；负责组织对污染企业的限期治理。负责环境信访案件的处理、答复，管理专线投诉电话；负责对全区的环境污染事故、环境污染纠纷进行现场调查处理。
